Saint-Nicolas est l’une des trois premières églises de Bruxelles, avec Saint-Géry, aujourd’hui disparue, et la collégiale Saint-Michel, élevée au rang de cathédrale en 1962. Les premières mentions de l’église remontent au milieu du 12e siècle. Détruite en grande partie à trois reprises en 1367, en 1695 et en 1714, elle faillit disparaître lors de la révolution française, dans la deuxième moitié du 19e siècle et dans les années 1930. Voici l’histoire étonnante d’une église qui ne cesse de ressusciter.
Une tour importante et assez massive se dressait à la fin du 12e à l’entrée de la nef principale d’une première église romane. En 1367, une violente tempête, qui causa des ravages en Flandre et dans le Brabant, abattit la partie haute de la première tour de Saint-Nicolas, entraînant la destruction d’une grande partie de l’église. De cette première église, il ne subsiste guère aujourd’hui que la base d’un pilier du porche avec un petit pan de mur à 1m40 sous le niveau actuel du sol de l’église et de la voirie, découverts lors de la construction de la façade actuelle en 1956.
L’église et la tour seront reconstruites dans les années qui suivent, le grand chœur, tel qu’il existe toujours, avec ses voûtes en pierres, étant achevé vers 1381. Fortement incliné vers la gauche, ce grand chœur surprend les visiteurs sans qu’il soit possible de donner une explication certaine de cette configuration très particulière. Une inclinaison de ce type, habituellement beaucoup plus discrète, peut être observée dans d’autres églises et cathédrales gothiques. Certains historiens considèrent que les maîtres d’œuvre cherchaient ainsi à reproduire l’inclinaison de la tête du Christ en croix.
De style gothique brabançon, l’église comporte à l’origine des chapelles perpendiculaires à la nef. Ces chapelles seront remaniées au fil des siècles jusqu’à aboutir à la configuration actuelle présentant deux nefs collatérales. En 1484, on décide de prolonger le collatéral gauche par la construction d’une chapelle, avec un chœur ogival, dédiée à Notre-Dame. Commandée par la confrérie de la Bienheureuse Vierge Marie, elle est l’œuvre de l’architecte Pierre van Roedingen. Sa construction est achevée en 1486.
Au mois d’août 1695, le maréchal de Villeroy, commandant les troupes de Louis XIV, fait mettre en batterie des pièces de grosse artillerie, sur les hauteurs de Scheut aux confins de Molenbeek-Saint-Jean et d’Anderlecht, face au rempart compris entre les portes d’Anderlecht et de Flandre, avec comme point de mire le beffroi de l’hôtel de ville. Du 13 au 15 août, des milliers de bombes et de boulets rouges s’abattent sur Bruxelles, incendiant et détruisant près d’un tiers de la ville, y compris la Grand-place et l’église Saint-Nicolas dont la tour s’effondre. Au lendemain du bombardement français, ne subsistent que les deux chœurs, la travée du transept, une partie des nefs latérales et des voûtes de la nef centrale ainsi que la partie inférieure de la tour.
En 1711, la ville, qui souhaite y placer un carillon, lance la reconstruction de la partie supérieure de la tour. Achevée en mars 1714, la nouvelle tour accueille ce carillon, dont les 13 cloches principales pèsent à elles seules 46.420 livres, à la grande joie des Bruxellois et des paroissiens de Saint-Nicolas. Mais cette joie sera de courte durée. Au lendemain de l'inauguration, le 25 juillet 1714 vers 22 heures, la tour s’effondre écrasant une partie de la nef gauche, deux maisons accolées à l’église et six maisons contiguës au couvent voisin des Récollets. Onze autres maisons sont également endommagées. La tour ne sera jamais plus reconstruite. A sa place, après la restauration des nefs et leur ameublement baroque dans les années 1725, on construit vers 1762 une sorte de galerie, elle-même enchâssée dans de petits immeubles identiques à ceux qui entourent le reste de l’église.
Sous la révolution française, l’église Saint-Nicolas est déclarée « bien national » et subit les effets de la loi du 16 brumaire an V (6 novembre 1796) qui ordonne la vente des biens nationalisés dans les départements belges réunis. Fermée le 12 décembre 1797, l’église « avec ses 23 ½ maisons y attenantes » est découpée en lots et aliénée lors d’une vente publique le 8 messidor an VII (26 juin 1799). Peu de temps auparavant, le mobilier de l’église est lui aussi vendu. Toutefois, à l’instigation d’un ancien marguillier, plusieurs paroissiens, dont « la citoyenne Marie Daems », rachètent l’ensemble des effets mobiliers lors d’une vente intervenue le 15 prairial an VII (3 juin 1799).
Parmi les acheteurs des différents lots de l’église entièrement dépouillée, figuraient plusieurs industriels et artisans. On installa même dans l’église une forge. Mais dans la foulée du rétablissement du culte en 1802, trois anciens marguilliers, Ferdinand Meeus, Guillaume Vandenesse et Pierre-Jean de Noville, rachètent les lots en vue de reconstituer la propriété de l’église pour le compte de la nouvelle Fabrique d’église. La restauration de l’église et la réinstallation de son mobilier ne seront achevées qu’en 1807.
En 1950, les autorités publiques et la Fabrique d’église s'accordent sur la restauration de la façade. Le projet prévoit un appareillement en pierres de Massangis et l’utilisation d’une autre roche jaune, la pierre d’Anstrude, pour les parties sculptées, dont le haut relief surplombant la porte d’entrée et représentant une sedes sapientiae flanquée d’anges adorateurs. Les sculptures sont confiées au statuaire Lacroix. Dans la partie supérieure, on installe un grand vitrail de l’Assomption, entouré de deux vitraux de taille plus petite. Cet ensemble est dû à l’artiste français Guy Chabrol. Les travaux seront achevés le 31 mars 1956.